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Flashゲームで時々保存データが消える場合があるので原因と解決策を簡単に書いておきます。

Flashプレイヤーのバージョン

古い一部のFlashプレイヤーでは一定容量以上のデータが消えるバグがあります。解決方法は最新のプレイヤーにバージョンアップすることです。
最新のプレイヤーはこちらから。

Webブラウザの設定

ブラウザによってはCookieの設定でFlashのデータが消える場合があるようです。あるサイトのデータが定期的に全部消えるならおそらくこれが原因です。
詳しくは以下のエントリを参考に。
Chrome12(と、今後のブラウザ)でFlashゲームのセーブデータが消える問題
解決方法は各ブラウザのマニュアルを見てください。

その他

たとえばハードディスク障害や、同時に同じゲームを立ち上げたために同じセーブデータに同時に書き込みがありファイルの整合性が失われたり、書き込み途中でブラウザやPCが落ちて中途半端なデータが残ってファイルが壊れたり、インストールしているウイルスソフトが制限を行っていたり、と他にもいろいろな原因が考えられます。基本的にFlashゲームに限らず頻繁に書き込むファイルは壊れる可能性があり防ぎようがありません。

もし心配な場合は、時々バックアップを取ることをお勧めします。Flashのセーブデータの保存場所はOSによって違うので、検索エンジンで
SharedObject　保存場所　使っているOS名
などで検索してみてその情報から場所を探し、見つかったファイルを別の場所に保存しておくと、データが消えた場合にはそのファイルを元の場所に戻せば良いので安心です。また、PCを変えるときにデータを引っ越すのにも使えます。
ただし、もちろんうっかりデータを消すと元に戻せませんので、自己責任でやってください。